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柯南在街頭目睹一名正打電話的警察在雨中被射殺，忙將兇手追蹤，但兇手逃脫。死者閉眼一刻緊抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南從目暮警官口中了解到緊抓左胸是暗示那里有警察手冊(cè)。不久又有警察手拿警察手冊(cè)被人射殺于地下車庫(kù)。對(duì)于這兩起案件，目暮警官等人一反常態(tài)不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心進(jìn)一步追問，白鳥警官只答一句“Need not to know”。該話是警察之間所用的密語(yǔ)，意味這兩起殺人事件與警察內(nèi)部人士有關(guān)。 柯南、小蘭等人參加白鳥妹妹的婚宴，電突然間停掉，那刻小蘭正與女警佐藤在洗手間。小蘭拿起身邊的手電筒欲照明時(shí)，一顆子彈射進(jìn)佐藤身體，小蘭嚇昏過去。次日小蘭醒來，卻因怪責(zé)自己害佐藤挨槍失去記憶。目暮見事態(tài)越來越嚴(yán)重，將秘密說出，原來死去的兩名警察正與佐藤一起重查一樁有關(guān)醫(yī)生仁野自殺的案件，該案涉及到警察局長(zhǎng)的公子。將局長(zhǎng)公子假定為嫌疑人之一時(shí)，柯南亦想到佐藤被射殺后宴會(huì)上少掉的兩個(gè)人。
知名建筑設(shè)計(jì)師森谷帝二這日邀請(qǐng)新一參加在他府上舉辦的茶會(huì)，柯南只得電話拜托小蘭。柯南、小蘭及毛利小五郎三人未入森府，已被絕對(duì)對(duì)稱的宏偉建筑吸引。衣香鬢影的茶會(huì)上，森谷帝二令人詫異地大聲攻擊年輕設(shè)計(jì)師，講建筑的美學(xué)準(zhǔn)則要被他們破壞殆盡。柯南在規(guī)定時(shí)間內(nèi)將他出給眾賓客的難題破解，被獲準(zhǔn)和小蘭一起參觀陳有他設(shè)計(jì)圖的展覽館，交談中，他感慨30多歲初成名時(shí)的作品不夠?qū)ΨQ稱不上完美，并從小蘭口中打探到她要與新一在米花大樓約會(huì)為新一慶生的諸多細(xì)節(jié)。 不久，柯南連接數(shù)通向新一挑戰(zhàn)的電話，對(duì)方均告知他已在某地放置會(huì)在某時(shí)爆炸的炸彈，柯南將危機(jī)一一化解后，開始與警方、毛利一起分析到底是何人所為。電視報(bào)道其中最為轟動(dòng)的爆炸案時(shí)，柯南由畫面聯(lián)想到所有炸彈放置的地點(diǎn)附近均有森谷帝二自認(rèn)不完美的作品，心中一驚。眾人拜訪森谷帝二時(shí)，柯南暗中將他的宅邸查看，找出兇犯正是他的證據(jù)，原來他是狂熱的完美主義者，想親手毀掉年輕時(shí)因妥協(xié)設(shè)計(jì)出的不絕對(duì)對(duì)稱作品，并借機(jī)報(bào)復(fù)沒令他的宏偉設(shè)計(jì)夙愿在西多摩市達(dá)成的新一。被抓一刻，森谷帝二的冷笑令柯南醒悟：米花大樓亦是他不完美的作品，小蘭正在那里等新一赴約。
這日柯南、小蘭一行人來到米花市市政大廳，一場(chǎng)有關(guān)最新游戲“繭”的發(fā)布會(huì)正在這里召開。由于迥異于以往任何一款游戲的“繭”可能一舉改變?nèi)蛴螒驑I(yè)界的價(jià)值觀，發(fā)布會(huì)吸引了代表日本上流社會(huì)的政治、財(cái)經(jīng)、演藝界人士，50名游戲體驗(yàn)者也多是他們的后代，新一的父親、推理小說大師工藤優(yōu)作由于參與故事編寫，也來到現(xiàn)場(chǎng)。這邊熱熱鬧鬧，游戲的研發(fā)者兼負(fù)責(zé)人堅(jiān)村卻被殺于地下室。堅(jiān)村死前留在鍵盤J、T、R上的血跡令柯南想到答案可能在游戲中，他利用優(yōu)作的關(guān)系加入了體驗(yàn)者隊(duì)伍，小蘭、灰原哀等人也拿到了體驗(yàn)入場(chǎng)券。 50名體驗(yàn)者剛分別進(jìn)入一個(gè)外型酷似蠶繭的“大型膠囊”，游戲即被自稱“諾亞方舟”的人工智能控制，“諾亞方舟”稱游戲?qū)⑻峁?個(gè)完全真實(shí)的歷史場(chǎng)景，體驗(yàn)者可選擇其中之一進(jìn)入，被淘汰會(huì)進(jìn)入休眠狀態(tài)，若最后無人走到終點(diǎn)，他們的大腦組織皆會(huì)被摧毀，此舉是為令日本社會(huì)重生。柯南一行及幾個(gè)驕橫無禮的上流社會(huì)公子哥進(jìn)入的是19世紀(jì)倫敦的貝克街，那里殺人犯開膛手杰克正在興風(fēng)作浪，他身上正有柯南要找的答案！而優(yōu)作也在現(xiàn)實(shí)中正對(duì)案件展開調(diào)查。
柯南、灰原及少年偵探隊(duì)成員步美、光彥、元太隨博士這日露營(yíng)完畢，繞道參觀西多摩市新建于富士山前的日本第一雙塔摩天大樓，毛利小五郎恰也應(yīng)雙塔所有者、他的學(xué)妹常盤美緒之邀，攜小蘭、園子參加開幕典禮。美緒介紹下，他們認(rèn)識(shí)以畫富士山聞名的畫師如月峰水、市議員大木巖松、雙塔的設(shè)計(jì)者風(fēng)間英彥（森谷帝二的弟子，第一彈《引爆摩天樓》中，森谷曾向新一挑戰(zhàn)）、天才程序員原。期間灰原的舉動(dòng)異常。 大木提前入住B塔被害，目暮警官著手調(diào)查發(fā)現(xiàn)他與美緒似有不同尋常關(guān)系，不久原亦被殺害于家中。因?yàn)楝F(xiàn)場(chǎng)都留有與日本畫畫師作畫時(shí)所用的乳缽相似的小酒杯碎片，兩起案件似系一人所為。柯南由小酒杯聯(lián)想到灰原曾效力的、以酒名為綽號(hào)的黑暗組織，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血跡。與此同時(shí)他找到灰原舉動(dòng)異常的原因，卻發(fā)現(xiàn)她正被人追蹤。而園子玩笑弄的發(fā)式令她像極了雪莉（灰原）。 開幕酒會(huì)上，美緒向賓客展示如月最為寶貴的富士山畫作時(shí)被殺，死相正如橫亙?cè)诟皇可秸械碾p塔的縮影圖，她的身下也有一個(gè)小酒杯，不過卻是完好的。地上一顆原本該呆在美緒脖子上的珍珠令柯南將目光轉(zhuǎn)向如月。緊接，A樓美緒公司電腦檔案所在的樓層及地下配電室發(fā)生爆炸。逃亡時(shí)刻，柯南注意到正有一支槍瞄準(zhǔn)園子，心中給出了所有疑問的答案，但他及小蘭等人最迫切需要解決的卻是如何從火海逃脫。