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柯南在街頭目睹一名正打電話的警察在雨中被射殺，忙將兇手追蹤，但兇手逃脫。死者閉眼一刻緊抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南從目暮警官口中了解到緊抓左胸是暗示那里有警察手冊。不久又有警察手拿警察手冊被人射殺于地下車庫。對于這兩起案件，目暮警官等人一反常態(tài)不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心進一步追問，白鳥警官只答一句“Need not to know”。該話是警察之間所用的密語，意味這兩起殺人事件與警察內部人士有關。 柯南、小蘭等人參加白鳥妹妹的婚宴，電突然間停掉，那刻小蘭正與女警佐藤在洗手間。小蘭拿起身邊的手電筒欲照明時，一顆子彈射進佐藤身體，小蘭嚇昏過去。次日小蘭醒來，卻因怪責自己害佐藤挨槍失去記憶。目暮見事態(tài)越來越嚴重，將秘密說出，原來死去的兩名警察正與佐藤一起重查一樁有關醫(yī)生仁野自殺的案件，該案涉及到警察局長的公子。將局長公子假定為嫌疑人之一時，柯南亦想到佐藤被射殺后宴會上少掉的兩個人。
知名建筑設計師森谷帝二這日邀請新一參加在他府上舉辦的茶會，柯南只得電話拜托小蘭。柯南、小蘭及毛利小五郎三人未入森府，已被絕對對稱的宏偉建筑吸引。衣香鬢影的茶會上，森谷帝二令人詫異地大聲攻擊年輕設計師，講建筑的美學準則要被他們破壞殆盡。柯南在規(guī)定時間內將他出給眾賓客的難題破解，被獲準和小蘭一起參觀陳有他設計圖的展覽館，交談中，他感慨30多歲初成名時的作品不夠對稱稱不上完美，并從小蘭口中打探到她要與新一在米花大樓約會為新一慶生的諸多細節(jié)。 不久，柯南連接數(shù)通向新一挑戰(zhàn)的電話，對方均告知他已在某地放置會在某時爆炸的炸彈，柯南將危機一一化解后，開始與警方、毛利一起分析到底是何人所為。電視報道其中最為轟動的爆炸案時，柯南由畫面聯(lián)想到所有炸彈放置的地點附近均有森谷帝二自認不完美的作品，心中一驚。眾人拜訪森谷帝二時，柯南暗中將他的宅邸查看，找出兇犯正是他的證據(jù)，原來他是狂熱的完美主義者，想親手毀掉年輕時因妥協(xié)設計出的不絕對對稱作品，并借機報復沒令他的宏偉設計夙愿在西多摩市達成的新一。被抓一刻，森谷帝二的冷笑令柯南醒悟：米花大樓亦是他不完美的作品，小蘭正在那里等新一赴約。
這日柯南、小蘭一行人來到米花市市政大廳，一場有關最新游戲“繭”的發(fā)布會正在這里召開。由于迥異于以往任何一款游戲的“繭”可能一舉改變全球游戲業(yè)界的價值觀，發(fā)布會吸引了代表日本上流社會的政治、財經、演藝界人士，50名游戲體驗者也多是他們的后代，新一的父親、推理小說大師工藤優(yōu)作由于參與故事編寫，也來到現(xiàn)場。這邊熱熱鬧鬧，游戲的研發(fā)者兼負責人堅村卻被殺于地下室。堅村死前留在鍵盤J、T、R上的血跡令柯南想到答案可能在游戲中，他利用優(yōu)作的關系加入了體驗者隊伍，小蘭、灰原哀等人也拿到了體驗入場券。 50名體驗者剛分別進入一個外型酷似蠶繭的“大型膠囊”，游戲即被自稱“諾亞方舟”的人工智能控制，“諾亞方舟”稱游戲將提供5個完全真實的歷史場景，體驗者可選擇其中之一進入，被淘汰會進入休眠狀態(tài)，若最后無人走到終點，他們的大腦組織皆會被摧毀，此舉是為令日本社會重生。柯南一行及幾個驕橫無禮的上流社會公子哥進入的是19世紀倫敦的貝克街，那里殺人犯開膛手杰克正在興風作浪，他身上正有柯南要找的答案！而優(yōu)作也在現(xiàn)實中正對案件展開調查。
柯南、灰原及少年偵探隊成員步美、光彥、元太隨博士這日露營完畢，繞道參觀西多摩市新建于富士山前的日本第一雙塔摩天大樓，毛利小五郎恰也應雙塔所有者、他的學妹常盤美緒之邀，攜小蘭、園子參加開幕典禮。美緒介紹下，他們認識以畫富士山聞名的畫師如月峰水、市議員大木巖松、雙塔的設計者風間英彥（森谷帝二的弟子，第一彈《引爆摩天樓》中，森谷曾向新一挑戰(zhàn)）、天才程序員原。期間灰原的舉動異常。 大木提前入住B塔被害，目暮警官著手調查發(fā)現(xiàn)他與美緒似有不同尋常關系，不久原亦被殺害于家中。因為現(xiàn)場都留有與日本畫畫師作畫時所用的乳缽相似的小酒杯碎片，兩起案件似系一人所為。柯南由小酒杯聯(lián)想到灰原曾效力的、以酒名為綽號的黑暗組織，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血跡。與此同時他找到灰原舉動異常的原因，卻發(fā)現(xiàn)她正被人追蹤。而園子玩笑弄的發(fā)式令她像極了雪莉（灰原）。 開幕酒會上，美緒向賓客展示如月最為寶貴的富士山畫作時被殺，死相正如橫亙在富士山正中的雙塔的縮影圖，她的身下也有一個小酒杯，不過卻是完好的。地上一顆原本該呆在美緒脖子上的珍珠令柯南將目光轉向如月。緊接，A樓美緒公司電腦檔案所在的樓層及地下配電室發(fā)生爆炸。逃亡時刻，柯南注意到正有一支槍瞄準園子，心中給出了所有疑問的答案，但他及小蘭等人最迫切需要解決的卻是如何從火海逃脫。